Sau cuộc Minh Trị Duy Tân, các lãnh tụ samurai lật đổ Mạc phủ Tokugawa không có một chương trình nghị sự hay kế hoạch phát triển nào cho nước Nhật. Họ có nhiều điểm chung – phần lớn đều ở độ tuổi giữa 30, và phần lớn đều đến từ bốn phiên tozama ở phía Tây Nhật (Chōshū, Satsuma, Tosa và Hizen). Mặc dù xuất thân từ các gia đình samurai cấp thấp, họ đã vươn đến vị trí lãnh đạo quân sự ở phiên mình, và trưởng thành trong bối cảnh nền giáo dục dựa trên Nho giáo vốn nhấn mạnh đến lòng trung thành và phục vụ xã hội. Cuối cùng, phần lớn đều có kinh nghiệm trực tiếp khi ra nước ngoài, hay qua mối qua hệ với các cố vấn nước ngoài tại Nhật Bản. Kết quả là, họ biết được sức mạnh vượt trội của các quốc gia phương Tây và sự cần thiết thống nhất nước Nhật, và tụ cường để tránh khỏi số phận thuộc địa như các láng giềng khác trên lục địa Á châu.

Tuy vậy, năm 1867, đất nước phần lớn chỉ là sự tập hợp các phiên bán độc lập tụ họp lại với nhau bằng sức mạnh quân sự của Liên minh Satchō, và nhờ uy tín của triều đình.

Đầu tháng 3 năm 1868, trong khi kết quả của Chiến tranh Boshin vẫn còn chưa ngã ngũ, chính phủ Minh Trị triệu tập đại biểu từ mọi phiên đến Kyoto để thành lập Hội đồng tư vấn quốc gia lầm thời. Tháng 4 năm 1868, Ngũ cá điều ngự thệ văn được ban bố, theo đó, Thiên hoàng Minh Trị vạch ra những nét chung cho sự phát triển và hiện đại hóa của Nhật Bản.

Hai tháng sau, vào tháng 6 năm 1868, Seitaisho được ban bố thiết lập nền tảng hành chính cho chính phủ Minh Trị. Bộ luật hành chính này được Fukuoka Takachika và Soejima Taneomi phác thảo (cả hai đều đã đi du học và có quan điểm chính trị tự do), và là một sự kết hợp kỳ lạ của các định nghĩa phương Tây ví dụ như tản quyền, và sự phục hồi cấu trúc quan liêu cổ đại của thời Nara Nhật Bản. Một cấu trúc chính quyền trung ương, hay Daijōkan (Thái Chính Quan), được thành lập.

Daijōkan có 7 cơ quan:

• Lập pháp (được chia thành Thương viện của các quan chức được bổ nhiệm, và Hạ viện từ đại diện các phiên)
• Hành pháp
• Thần đạo
• Tài chính
• Chiến tranh
• Ngoại vụ
• Nội vụ

Một Bộ Tư pháp riêng được lập ra để tạo ra sự phân tách quyền lực như các nước phương Tây.

Trong lúc đó, hành chính địa phương bao gồm các lãnh thổ tịch thu từ nhà Tokugawa, được chia thành các tỉnh (ken) và các thành phố trực thuộc trung ương (fu) dưới quyền của Bộ Nội vụ, và 273 phiên tự trị. Nhân viên từ chính quyền trung ương được cử đến mỗi phiên để đồng bộ nền hành chính và thích ứng với sự chỉ huy từ chính phủ trung ương.

Đầu năm 1869, Hoàng cung được chuyển từ Kyoto đến Edo, và đổi tên thành Tokyo (Đông Kinh).